МИ-6 имеет 87 резидентур за рубежом и штаб-квартиру в Лондоне, на Воксхолл Бридж-роуд. Генеральный директор МИ-6 одновременно является постоянным заместителем министра иностранных дел. Таким образом, формально британская разведка находится под контролем британского МИДа, однако, наряду с этим она имеет прямой выход на премьер-министра и часто действует по его указаниям или самостоятельно.
В структуре МИ-6 пять директоратов. В их число входят:
Административно-кадровый директорат, который занимается административно-управленческими вопросами, а также вопросами подбора и расстановки кадров.
Директорат постановки заданий и подготовки разведывательной продукции. Получает задание от министерств иностранных дел и обороны. Обрабатывает и анализирует получаемую разведывательную информацию, подготавливает и реализуют выходные документы разведки.
Директорат региональных контролеров. Состоит из нескольких регионально-географических оперативных отделов.
Директорат внешней контрразведки и безопасности. Осуществляет разработку спецслужб иностранных государств и обеспечивает безопасность работы английской разведки.
Директорат специальной разведки. Снабжает подразделение разведки современными оперативно-техническими средствами ведения оперативной работы.
Кроме того имеются: Группа советника по вопросам международных отношений, Группа связи со спецслужбами США и других стран.
У МИ-6 тесные связи с разведками Канады, Австрии, Новой Зеландии. Они создавались при помощи Интеллидженс Сервис, и многие их сотрудники проходили подготовку в Англии. Численность личного состава британской разведки - государственная тайна.
На протяжении всей истории работа в английской разведке считалась престижной и привлекала к себе выходцев из аристократических семейств и творческой интеллигенции. Обычно персонал разведки набирается из кадров МИД, Вооруженных сил, десантников САС (Специальной Авиационной Службы, то есть - спецназа ВВС Великобритании), полиции, а также из числа выпускников университетов (преимущественно Кембриджского и Оксфордского).